Om de kwaliteit van het onderzoek te bewaken is een Wetenschappelijke Adviescommissie (WAC) ingesteld, bestaande uit negen leden uit binnen- en buitenland. Zij hebben op persoonlijke titel zitting in de commissie, die binnen het programma een onafhankelijke positie inneem. Zij zijn lid op grond van hun autoriteit en expertise van verschillende aspecten van het onderzoeksterrein. Om deze reden zitten er in de commissie ook enkele wetenschappers die zijn verbonden aan de instituten die het programma ten uitvoer brengen.

De WAC volgt het onderzoeksproces; zij faciliteert, spart met en adviseert het onderzoeksprogramma. Zij beoordeelt de slotstudie(s) op de gangbare normen voor integer en wetenschappelijke verantwoord onderzoek en onthoudt haar goedkeuring alleen in het geval daaraan niet is voldaan. De WAC is derhalve niet inhoudelijk verantwoordelijk voor de slotstudie(s) en deelstudies van het onderzoeksprogramma.

  • Prof. dr. E.A. (Elizabeth, Liz) Buettner, hoogleraar Moderne Geschiedenis aan de Universiteit van Amsterdam, met een speciale belangstelling voor de laat-koloniale periode en dekolonisatie.
  • Prof. dr. R. (Robert) Cribb, hoogleraar Aziatische Geschiedenis, Australian National University, gespecialiseerd in de geschiedenis van Indonesië.
  • Prof. dr. P.M.H. (Petra) Groen, voormalig bijzonder hoogleraar Militaire Geschiedenis aan de Universiteit Leiden, senior wetenschappelijk medewerker NIMH, specialist in de militaire geschiedenis van Nederlands-Indië.
  • Prof. dr. L. (Larissa) van den Herik, hoogleraar Internationaal Publiekrecht, Universiteit Leiden, o.a. vicevoorzitter Commissie van Advies inzake Volkenrechtelijke Vraagstukken.
  • Prof. dr. J. (Jan) Hoffenaar, voorzitter, hoogleraar Militaire Geschiedenis aan de Universiteit Utrecht, hoofd Onderzoek van het NIMH, specialisatie militaire geschiedenis na 1945.
  • Luitenant-generaal b.d. M. (Mart) de Kruif, o.a. commandant ISAF voor Zuid-Afghanistan (2008-2009) en Commandant Landstrijdkrachten (2011-2016).
  • Prof. dr. B. (Bambang) Purwanto, bijzonder hoogleraar Zuid-Oost-Aziatische Geschiedenis aan de Universiteit leiden, vice-decaan Faculteit Culturele Wetenschappen, Universitas Gadjah Mada, Yogyakarta.
  • Prof. dr. H. (Henk) Schulte Nordholt, bijzonder hoogleraar Indonesische Geschiedenis aan de Universiteit Leiden, hoofd Onderzoek van het KITLV.
  • Prof. dr. H. (Henk) te Velde, hoogleraar Vaderlandse Geschiedenis aan de Universiteit Leiden.