Om de kwaliteit van het onderzoek te bewaken is een Wetenschappelijke Adviescommissie ingesteld, bestaand uit negen deskundigen. Deze commissie beoordeelt de projectvoorstellen, de wijze waarop deze worden uitgevoerd en de teksten en overige eindproducten van de diverse deelstudies.

  • Prof. dr. E.A. (Elizabeth, Liz) Buettner, hoogleraar Moderne Geschiedenis aan de Universiteit van Amsterdam, met een speciale belangstelling voor de laat-koloniale periode en dekolonisatie.
  • Prof. dr. R. (Robert) Cribb, hoogleraar Aziatische Geschiedenis, Australian National University, gespecialiseerd in de geschiedenis van Indonesië.
  • Prof. dr. P.M.H. (Petra) Groen, voormalig bijzonder hoogleraar Militaire Geschiedenis aan de Universiteit Leiden, senior wetenschappelijk medewerker NIMH, specialist in de militaire geschiedenis van Nederlands-Indië.
  • Prof. dr. L. (Larissa) van den Herik, hoogleraar Internationaal Publiekrecht, Universiteit Leiden, o.a. vicevoorzitter Commissie van Advies inzake Volkenrechtelijke Vraagstukken.
  • Prof. dr. J. (Jan) Hoffenaar, voorzitter, hoogleraar Militaire Geschiedenis aan de Universiteit Utrecht, hoofd Onderzoek van het NIMH, specialisatie militaire geschiedenis na 1945.
  • Luitenant-generaal b.d. M. (Mart) de Kruif, o.a. commandant ISAF voor Zuid-Afghanistan (2008-2009) en Commandant Landstrijdkrachten (2011-2016).
  • Prof. dr. B. (Bambang) Purwanto, bijzonder hoogleraar Zuid-Oost-Aziatische Geschiedenis aan de Universiteit leiden, vice-decaan Faculteit Culturele Wetenschappen, Universitas Gadjah Mada, Yogyakarta.
  • Prof. dr. H. (Henk) Schulte Nordholt, bijzonder hoogleraar Indonesische Geschiedenis aan de Universiteit Leiden, hoofd Onderzoek van het KITLV.
  • Prof. dr. H. (Henk) te Velde, hoogleraar Vaderlandse Geschiedenis aan de Universiteit Leiden.